بعد إدعاء النيابة العامة العسكرية عليه بموجب ورقة طلب تضمّنت ملاحقته بجرم الإنضواء في صفوف العدو الصهيوني والحصول على جنسيته والتسبّب بقتل لبنانيين.

قناة "المنار" أفادت بأن العميل عامر الفاخوري​ أقرّ خلال التحقيق معه في ​المديرية العامة للأمن العام​ بأنّ تعذيب المعتقلين في معتقل الخيام كان يجري بعلمه، وبأنه هو من أعطى الأوامر بقمع الإنتفاضة التي حصلت في المعتقل، ما أدّى إلى إستشهاد أسيرين، مشيرةً إلى أنّ الفاخوري كشف أنّه كان يعامل المعتقلين بقسوة، ويعاونه في التحقيقات فريق من الشرطة العسكرية "الإسرائيلية".

وبحسب قناة "المنار"، فإنه بعد عام 2000 غادر العميل الفاخوري إلى نهاريا وعمل مع جهاز "الشباك"، حيث حصل على جواز سفر وهوية "إسرائيليتين"، قبل أن يغادر بعد ذلك إلى الولايات المتحدة الأميركية. ولفتت إلى أن الفاخوري وبعد تسوية وضعه القانوني حاول الحصول على جواز سفر لبناني، لكنّ الأمن العام اللبناني رفض ذلك، إلاّ أنه قبل أشهر حصل على الجنسية الأميركية.

وفي المواقف، شدّد مقرّر لجنة الإدارة والعدل وعضو لجنة حقوق الإنسان النائب إبراهيم الموسوي على أنّ جرائم الخيانة العظمى لا تسقط بالتقادم أو بمرور الزمن، مؤكداً أنّ جريمة عامر الفاخوري هي من أمهات الجرائم: خيانة الوطن وأهله بالتعاون مع جيش الإحتلال، قتل وتعذيب واختطاف واغتصاب بحق مواطنين لبنانيين، وتمكين العدو من بسط احتلاله.

ولفت الموسوي إلى أنّ هذه الجرائم تستحق أحكام إعدام عديدة وليس حكماً واحداً، والمطلوب هو إحلال العدالة وإنفاذ القصاص أمام المحاكم المختصّة صوناً للبنان أولاً، وحفظاً لدماء الشهداء، وصيانة للمناعة بل للكرامة الوطنية. 

مسؤول ملف النازحين في حزب الله النائب السابق نوار الساحلي أكد أن العميل يبقى عميلاً ولو مرّ الزمن قانوناً على إحدى جرائمه. وفي تغريدة له عبر "توتير"، تساءل الساحلي عن الجهة التي كانت وراء عودة هذا العميل والتوقيت المريب لها، واستغلال الإجحاف في القانون اللبناني لجهة إسقاط الحكم بمرور الزمن.

الأمين العام لـ"التنظيم الشعبي الناصري" النائب ​أسامة سعد طالب​ بإنزال أقسى العقوبات بجزار معتقل ​الخيام​ العميل عامر الياس الفاخوري، كما طالب بمحاسبة كل من ساعده على الدخول من المطار من دون توقيف، وكل من أقدم على تنظيف ملفاته.

النائب جميل السيّد شدّد في تغريدة عبر "توتير" على رفضه أن تتحوّل قضيّة العميل الفاخوري إلى مادة للنيل من الجيش وقيادته، مؤكّداً أنّ المطلوب معالجتها والتحقيق فيها بالحزم والجديّة والشفافيّة اللازمة بما يمنع أن تتكرّر أبداً.