ونُفذت العملية التي قادتها كتائب عز الدين القسام مع فصائل فلسطينية أخرى، وتمكن المقاومون خلالها من التسلل إلى مستوطنات عدة في غلاف غزة عبر السياج الحدودي وعبر وحدات الضفادع البشرية من البحر، إضافة إلى مظليين من فوج "الصقر" التابع لكتائب القسام.

العملية أعلن عنها قائد الأركان في كتائب القسام محمد الضيف في رسالة صوتية مسجلة، لافتاً إلى بدء عملية طوفان الأقصى بضربة أولى استهدفت مواقع ومطارات وتحصينات عسكرية للعدو، فالعدو الصهيوني بعد عملية طوفان الأقصى يحاول بناء ردع جديد ضد كل حركات المقاومة في المنطقة بحسب القيادي في حركة حماس تيسير سليمان، الذي لفت الى انه عندما يتعرض الكيان للصواريخ او لعملية شاملة او طوفان اقصى او اي نوع من العمليات التي تسمى عدم ابقاء الاستقرار لدي كيان العدو فان هذا الامر هو المطلوب .

على الرغم من كل شيء فإن النقاط لا تزال تسجّل للمقاومة يشدد سليمان وتأثيرات طوفان الأقصى واضحة، مشيرا الى انه من الامور المهمة والتأثيرات لطوفان الاقصى هي انها كسرت قاعدة الردع لدى كيان العدو وصورة الجيش الذي لا يهزم واصبحت تعطي للاخرين جرأة على ان ينفذ عمليات ضد العدو .

عملية طوفان الأقصى شكلت فشلاً ذريعاً للاستخبارات الصهيونية واثرت بشكل كبير على صورة  كيان العدو.