وفي إطار التحقيقات الجارية، وبناء على إفادات الموقوفين، أعطى مفوّض الحكومة لدى المحكمة العسكرية القاضي فادي عقيقي إشارته باستدعاء رئيس "القوات" سمير جعجع إلى التحقيق. 

مصدر قضائي أوضح لوكالة "فرانس برس" أن عقيقي "كلّف فرع التحقيق في مخابرات الجيش استدعاء جعجع وأخذ إفادته، بناء على المعلومات التي أدلى بها عناصر من "القوات" جرى توقيفهم على خلفية ما حدث، وأشار إلى أن مخابرات الجيش تتولى التحقيق في هذه الجريمة وأنه تم توقيف 26 شخصاً، غالبيتهم من مناصري "القوات" من سكان منطقة عين الرمانة.

صحيفة "الأخبار" كشفت أنه أثناء استجواب عدد من الموقوفين المنتمين إلى "القوات" في مجزرة  الطيونة، ورد في إفادات بعضهم ما أكّد معلومات كانت في حوزة الأجهزة الأمنية عن مجموعات مسلحة تابعة لـ"القوات" لا تتحرّك عادة إلا بعلم رئيس الحزب سمير جعجع وبأوامر مباشرة منه.

ورأى المحققون أن إفادات الموقوفين أدت إلى الاشتباه بوجود مخطط مُعدّ مسبقاً، بدأ تنفيذه في الليلة السابقة للكمين. ووضعت مديرية المخابرات والنيابة العامة العسكرية المشرفة على التحقيق إفادات الموقوفين والمعلومات المتوافرة في سياق المقابلة التي أجراها جعجع بعد حادثة الطيونة، إضافة إلى تصريحاته السابقة لها، والتي ظهر فيها نوع من التبنّي لما جرى.

وبناء على هذه المعطيات، طلب القاضي عقيقي من مديرية المخابرات استدعاء جعجع الى التحقيق للاستماع إلى إفادته لاستيضاحه بشأن المعطيات الواردة في إفادات الموقوفين والمعلومات المتوفرة لدى الأجهزة الأمنية المختلفة عن انتشار "قوّاتي مسلّح عشية الكمين".